Делать ходы руками ПОСЛЕ затвердевания гипса - 
 нецелесообразно. Гипс как наполнитель используют как раз чтобы заливать 
 слепленные из пластилина (или подобного материала) ходы и камеры, а 
 после затвердевания вытаскивать пластилин. Выдалбливать в гипсе ходы - 
 это просто пытка.
Далее - стекло. Идеальное (на мой взгляд) 
 решение - заливать стекло и пластилин вместе - тогда в гипсе будет 
 идеальный паз под стекло. Очень (!!!) рекомендую посмотреть вот этот 
 ролик: 
http://www.youtube.com/watch?v=akJLHKiJy80&feature=channel Это лучший видеотуториал по гипсовым 
формикариям 
 что я видел. В нём весь процесс заливки стекла очень хорошо показан. 
 Только не используйте тесто вместо пластилина! После твердения гипса 
 отковырять абсолютно всё тесто невозможно, и на крошечных кусочках 
 теста потом вырастает плесень. Я попался на этом и очень расстроился. 
 Муравьи тоже не обрадовались.
Последнее 
 - влажность. Гипс одновременно и хорош и плох в этом отношении. Хорош - 
 потому что отлично впитывает. Плох - потому что отлично испаряет. 
 Обязательно нужно в один из входов подавать влажную ватку как в 
 пробирке-инкубаторе (как резервный источник влаги). Иначе при случайном 
 отсутствии внимания дней на 6 гипс высохнет начисто и начнёт впитывать 
 последние пары из воздуха. Кончится это может очень плачевно. Вторая 
 проблема испарения - охлаждение. Гипс очень активно испаряет и от этого 
 охлаждается на несколько градусов. В спячку, конечно, от такого никто 
 не впадёт, но замедлить развитие расплода - очень даже. При 
 дополнительном подогреве гипс ещё интенсивнее испаряет, и выше 
 описанная проблема может случится ещё раньше.
Именно из-за испарения 
 с гипса его закрывают. В следующем своём 
формикарии планирую даже ёмкость испарителя сделать внутри гипса чтобы предотвратить малейшее испарение с гипса наружу.
Зачем после затвердевания полностью высушивать гипс? Ведь потом в любом случае нужно будет его увлажнить!
Мои мураши ни разу не были замечены в грызении гипса. предположу, что им не нравятся микронеровности поверхности ходов после "ручного" выдалбливания ходов. Видимо, пластилин даёт более ровную поверхность, которая не смущает мурашей.
И ещё раз рекомендую посмотреть вышеуказанный ролик.